Paroki Santo Paulus Onanrunggu berdiri sebagai paroki pada tanggal 1 Oktober 1939. Sebelum didirikan sebagai paroki, sudah ada 6 komunitas katolik atau stasi di wilayah Nagari Onanrunggu yakni: Sipinggan (1934), Janjimatogu (1935), Harian (1936), Onanrunggu (1936), Sitinjak (1938) dan Tambun (1939). Maka pada tanggal 1 Oktober 1939 Mgr. Matthias Brans, Prefektur Apostolik Padang pada masa itu, mendirikan paroki baru yang terdiri dari 6 stasi tersebut, yang berpusat di Onanrunggu. Pastor Beatus Jenniskens OFMCap diangkat sebagai pastor paroki pertama. Sebelum diresmikan sebagai paroki, rumah pastoran dan gereja sudah selesai dibangun.
Tidak lama setelah didirikan sebagai paroki, umat beriman di paroki Onanrunggu berkembang sangat pesat. Tahun 1942 bertambah satu stasi di Baringin. Namun pada saat Jepang menguasai Indonesia, semua imam berkebangsaan Belanda diinternir. Sekalipun demikian pelaksanaan ibadah tetap berlangsung di stasi-stasi, kecuali stasi Harian. Stasi Harian menjadi tutup selama masa pendudukan Jepang. Barulah setelah Indonesia merdeka, stasi Harian dibuka lagi.
Selama kurun waktu yang sangat sulit antara tahun 1942-1947, umat paroki Onanrunggu tidak dilayani oleh imam. Barulah pada tahun 1947 ada dua orang imam dari Jawa, yakni P. Pudjo Handojo Pr dan P. Sutopanitra Pr diperbantukan melayani umat di paroki Onanrunggu. Kedua pastor ini melayani paroki Onanrunggu selama 2 tahun sampai tahun 1949. Pada kurun waktu dua tahun itu, ada dua stasi yang berdiri, yakni di Sitamiang (1947) dan di Siturituri (1948). Ketika kedua pastor ini meninggalkan paroki Onanrunggu, jumlah stasi sudah menjadi 9.
Pada tahun 1950, Pastor Beatus Jenniskens kembali ditugaskan untuk menggembalakan umat di Paroki Onanrunggu. Tahun itu juga berdiri stasi di Situmpol. Dilanjutkan lagi pada tahun 1952 didirikan stasi di Nainggolan.
Semakin hari Paroki Onanrunggu berkembang terus. Para pastor silih berganti melayani paroki ini. Dalam perjalanan waktu, banyak stasi didirikan, yakni: Stasi Sukkean (1953), Stasi Sirait Pandiangan (1953), Stasi Simanggule (1953), Stasi Siarsam (1958), Stasi Janji Marapot (1962 [catatan: stasi ini tutup tahun 2017]), Stasi Aekrihit (1964), Stasi Sirait Pasaran (1965), Stasi Hutahotang (1965), Stasi Sipira (1968), Stasi Hutajulu 1986, dan Stasi Junjungan (1993). Stasi Sirungkungon, yang berada di pesisir Danau Toba di seberang Pulau Samosir, sempat dilayani dari Paroki Onanrunggu, tetapi kemudian diserahkan ke Paroki Parapat.
Pada tahun 2014, Paroki Onanrunggu merayakan jubileum 75 tahun berdiri sebagai paroki. Pada saat itu jumlah umat terdiri dari 1.467 KK dengan 6.965 jiwa, yang tersebar di 1 gereja paroki dan 21 gereja stasi. Sangat disayangkan pada tahun 2017 Stasi Janji Marapot yang jumlah umatnya 7 KK dengan 34 jiwa ditutup karena umat berpindah tempat dan berpindah kepercayaan.
Pelayan pastoral sejak paroki Onanrunggu berdiri sampai saat ini:
1939-1942 Ordo Kapusin
1947-1949 Diosesan
1950-2003 Ordo Kapusin
2003-2018 Kongregasi Claretian (CMF)
2019 – sekarang.
Diosesan Data Basis Integrasi Data Umat Katolik (BIDUK) per September 2022: umat Paroki Santo Paulus Onanrunggu terdiri dari 1.423 KK dengan 5.380 jiwa; 1 Gereja paroki dan 20 gereja stasi. Saat ini paroki Onanrunggu dilayani oleh dua orang imam, 1 parokus dan 1 vikaris parokial.
