Paroki St. Yohanes Penginjil Mandala - Medan merupakan salah satu stasi dari Paroki St. Paulus Pasar Merah sebelumnya. Gereja ini tidak serta merta berdiri begitu saja, tetapi merupakan hasil dari proses meleburnya atau bergabungnya 3 (tiga) stasi dalam Paroki St. Paulus Pasar Merah. Ketiga stasi yang digabung itu adalah Stasi Jalan Negara, yang sudah berdiri sejak tahun 1964; Stasi Mandala yang pada masanya berada di lokasi bangunan SD RK Budi Luhur sekarang, dan sudah ada sejak tahun 1965; selanjutnya Stasi Pematang Terang yang beribadah di rumah umat, di sekitar Jalan Pertiwi dan sudah berdiri sejak tahun 1978.
Beranjak dari kerinduan seluruh umat dari ketiga stasi itu, akhirnya setelah melalui diskusi yang panjang, hingga melahirkan kesepakatan menggabungkan ketiga stasi tersebut itu ke dalam satu komunitas stasi dan gereja yang jauh lebih besar. Mengapa? Karena kalau situasi itu tetap dipertahankan, akan sulit menjawab perkembangan umat yang menuntut satu bangunan gereja lebih besar. Sedangkan masing-masing gereja stasi itu saja hanya menampung 50 orang untuk setiap ibadah. Tentu sangat kecil. Maka pada tahun 1978 ketiga stasi itu digabungkan. Hal itu harus dilakukan, selain agar seluruh umat di kawasan itu bertumbuh dalam satu komunitas, juga karena masih terbatasnya imam Carmel yang melayani.
Beberapa tahun sebelum pembangunan gedung gereja di jalan Mestika, Pastor J. B. Peper, O.Carm, sebagai pastor di Paroki St. Paulus Pasar Merah, pada tahun 1973 sudah mempersiapkan lahan, diawali dengan pembelian sebidang tanah di jalan Mestika, dengan ukuran 30m x 70m dan umat Stasi Jalan Negara mendukung rencana ini, dan ambil bagian memberi dukungan dana untuk pengadaan lahan. Sebelum Stasi Pematang Terang berdiri, sebetulnya Pastor J. B. Peper, O.Carm memiliki kerinduan untuk menyatukan Stasi Jalan Negara dan Stasi mandala agar efektif melaksanakan reksa pastoral kepada umat.
Namun dalam proses merealisaikan mimpi itu, ternyata banyak hambatan dan kesulitan dihadapi. Bahwa fenomena penolakan berdirinya bangunan gereja, ternyata tidak saja kita saksikan pada dekade belakangan ini. Penolakan itu juga terjadi di tengah proses penyatuan stasi ini. Namun semua bisa dilalui, dengan harapan impian berdirinya sebuah gereja dengan jumlah umat yang lebih besar dapat segera terealisasi.
Bulan November 1973 terjadi pergantian pastor paroki, dari pastor J. B. Peper, O.Carm kepada Pastor Paul Gurr, O.Carm, seorang Misionaris Carmel dari Provinsi Australia. Namun, Pastor Paul tidak lama, tidak sampai menuntaskan impian menyatukan stasi itu. Karena hanya satu tahun berkarya di Paroki Pasar Merah, tahun 1974 terjadi lagi pergantian pastor paroki kepada Pastor Johan Kuttschreutter, O.Carm. Pada masa inilah, atas inisiatif Pastor Pannoc, OFMCap dan persetujuan Uskup Agung Medan, Stasi Mandala diserahkan kepada penggembalaan dan iurisdiksi Pastor Paroki Santo Paulus Pasar Merah. Tugas melanjutkan merealisasikan rencana penggabungan stasi dan pembangunan gereja dilanjutkan Pastor Johan Kuttschreutter, O.Carm. Harus bekerja keras menghadapi berbagai persoalan.
Akhirnya pada tahun 1978 Uskup Agung Medan memutuskan untuk membentuk panita ad hoc. Tugas panitia ad hoc KAM adalah mencari upaya dan solusi menyeluruh kebijakan pastoral, penggabungan stasi, pengurusan administrasi tanah dan izin bangunan serta mempersiapkan pembentukan panitia pembangunan untuk gereja di Jalan Mestika.
Syukur kepada Tuhan, ternyata panitia ad hoc yang terbentuk ini dapat menjalankan tugasnya dengan baik dan membawa hasil yang positif. Dan berdasarkan surat dari Uskup Agung Medan tertanggal 1 Desember 1978, maka pada tanggal 17 Januari 1979 dilaksanakan Peletakan Batu Pertama Pembangunan Gereja jalan Mestika. Pada saat yang sama Gereja Jalan Mestika diberi nama pelindung Santo Yohanes Penginjil.
Umat dari ketiga stasi berkontribusi untuk pembangunannya. Semua umat mengumpulkan dana partisipasi untuk pembangunan gereja ini. Sebanyak 250 kepala keluarga umat, bantuan dari Keuskupan Agung Medan, dan para donatur, maka karena tangan dingin Pastor P. Johan Kuttscheutter, O.Carm, pembangunnya rampung. Pada tanggal 30 November 1980 Gereja Santo Yohanes Penginjil diberkati oleh Uskup Agung Medan yang dihadiri oleh seluruh umat.
Selanjutnya lonjakan jumlah umat di Stasi St. Yohanes Penginjil semakin terasa, menyusul diresmikan dan mulai ditempatinya Perumnas Medan II, di kawasan Mandala, sekitar tahun 83-an. Ada pertambahan sekitar 300 kepala keluarga menjadi umat Stasi St. Yohanes Penginjil. Artinya, umat Stasi St. Yohanes Penginjil pada tahun 1983 sudah berjumah 550 kepala keluarga.
Mulai tahun 1983 pertumbuhan jumlah umat dan kepala keluarga di stasi Mandala terus berkembang. Oleh karena itu, demi efesiensi pelayanan pastoral kepada umat maka para pastor terus berupaya meningkatkan karya pelayanan stasi ini dengan berbagai cara. Salah satu uapaya yang dilakukan adalah dengan menempatkan atau menugaskan seorang pastor kapelan yang secara khsusus melayani umat Stasi St. Yohanes Penginjil Mandala. Diantaranya P. Siriakus Ndolu, O.Carm pada tahun 1998. Hal ini membuat semangat umat beriman semakin dalam kehidupan menggereja. Selain itu, umat juga terus membangun kerjasama dengan P. Siriakus Ndolu, O.Carm untuk membangun rumah tempat tinggal pastor di samping gereja dan sebuah aula untuk gereja tempat pembinaan umat dan pertemuan-pertemuan.
Pembenaan dan penataan baik itu fasilitas-fasilitas gereja (pastoran dan aula) maupun struktur kepengurusan Gereja sebenarnya bertujuan pada harapan peningkatan status gereja dari stasi menjadi paroki. Sebagai tindaklanjutnya pastor Siriakus bersama dengan pengurus dewan stasi yang disetujui pastor paroki St. Paulus Pasar Merah mengajukan permohonan peningkatan status gereja dari Stasi menjadi Paroki kepada Uskup Agung Medan dengan surat No.20/GKSP/11/1999. Atas permohonan ini, tanggapan Uskup Agung Medan sangat positif.
Hal ini dinyatakan oleh Uskup Agung Medan dalam surat keputusan No.172/GP/KA/2000 tanggal 25 April 2000 yang menyatakan bahwa peningkatan status Gereja Katolik St. Yohanes Penginjil, Jalan Mestika No. 24 Mandala menjadi Paroki merupakan suatu kebutuhan yang mendesak dan akan segera dipersiapkan. Sebagai tindak lanjut dari perencanaan pendirian paroki ini, umat, pastor dan pihak Keuskupan mengawalinya dengan membeli sebidang tanah di samping gereja yang adalah milik para suster Kongregasi St. Elisabet (FSE) dengan ukuran 20m x 46m = 920m² seharga Rp 400.000.000 (empat ratus juta rupiah) pada tahun 2003. Sumber dananya dari paroki, swadaya umat dan pihak keuskupan.
Kegembiraan dan semangat umat semakin bertambah setelah mendengar berita dari Uskup Agung Medan bahwa perencanaan peningkatan status gereja dari stasi menjadi paroki sudah positif terlaksana setelah Bapak Uskup mendapat surat permohonan dari Kongregasi Claretian (CMF) tahun 2006 untuk diizinkan melayani salah satu paroki di kota Medan yang kelak menjadi tempat transit bagi para pastor Claretian yang telah berkarya di pulau Samosir. Tanggapan uskup Agung Medan atas permohonan Kongregasi Claretian (CMF) sangat positif dan langsung menawarkan gereja Katolik St. Yohanes Penginjil Mandala Medan. Dari pihak Kongregasi Claretian tetap menyanggupinya, tetapi tidak langsung pada tahun 2006 karena masih harus melengkapi tenaga imam yang melayani dua paroki di Samosir. Setelah itu baru memulai di Mandala. Pihak Keuskupan juga akhirnya memahami kebijakan ini.
Sambil menanti kehadiran para imam Claretian (CMF) yang akan melayani Gereja Katolik St. Yohanes Penginjil, pihak Keuskupan Agung Medan, para pastor di Paroki St. Paulus Pasar Merah bersama umat berusaha untuk merenovasi gereja yang sudah ada berhubung jumlah umat sudah bertambah banyak kurang lebih 800 KK dan daya tampung gereja yang sudah terbatas. Pelaksanaan renovasi dan pengembangan gereja ini dilaksanakan pada tahun 2007.
Demi pelayanan yang lebih efektif dan menjangkau umat, telah didirikan satu stasi di wilayah Perumnas Mandala, pada tanggal 8 April 2018 dan diberi nama pelindung Stasi Hati Tak Bernoda Maria. Ada 4 lingkungan yang masuk dalam stasi baru ini (132 KK). Dengan keberadaan stasi baru ini, maka Paroki St. Yohanes Penginjil Mandala sekarang sudah memiliki 2 stasi pelayanan.
Setelah melewati berbagai proses, diskusi dan kesepakatan baik dari pihak Keuskupan, Kongregasi Misionaris Claretian, Pastor Paroki St. Paulus Pasar Merah, Pengurus stasi Mandala dan umat, maka pada tahun 2008, tepatnya tanggal 25 Juli 2008 Kongregasi Misionaris Claretian mengutus dua tenaga imamnya yakni P. Dominikus Kabosu, CMF sebagai Pastor Paroki dan P. Sebastisan Odakal, CMF sebagai pastor rekan untuk memulai berkarya dan melayani umat Katolik Stasi St. Yohanes Penginjil Mandala. Kedua pastor ini bekerja sama dengan Pastor Paroki St. Paulus Pasar Merah untuk mempersiapkan berbagai hal yang berhubungan dengan pendirian Paroki baru ini mulai dari hal-hal administrasi, persiapan acara peresmian paroki yang didahului dengan pemilihan Dewan Pastoral Paroki yang dipimpin oleh ketua Depwil (Dewan Pastoral Wilayah) Medan.
Pada tanggal 26 Oktober 2008, Gereja Katolik Stasi St. Yohanes Penginjil Mandala - Medan diresmikan menjadi Paroki oleh Yang Mulia Uskup Agung Medan, Mgr A.G Pius Datubara, OFMCap. Dengan peresmian Paroki ini, maka bertambahlah jumlah Paroki Keuskupan Agung Medan menjadi 49 Paroki di masa itu. Pada bulan Januari 2014 Paroki St. Yohanes Penginjil Mandala mendapatkan tambahan satu stasi yang baru yakni Stasi St. Yoseph Freinademetz Bandar Setia dengan jumlah 32 KK dan 116 jiwa. Data BIDUK Paroki St. Yohanes Penginjil Mandala Per 1 Januari 2022 menunjukan bahwa Kepala Keluarga (KK) sejumlah 925, sama dengan 3.540 jumlah jiwa.
